สำนักงานอธิบดี

• อธิบดี
• รองอธิบดี
• ผู้เชี่ยวชาญ
• กลุ่มนิติการ
• กลุ่มพัฒนาระบบบริหาร
• ตรวจสอบภายใน

สำนักงานเลขานุการกรม

• ฝ่ายสารบรรณ
• ส่วนช่วยอำนวยการและประสานราชการ
• ส่วนคลังและพัสดุ
• ส่วนการเจ้าหน้าที่
• ส่วนสื่อสารองค์กร 

กองแผนงาน

• ฝ่ายงานธุรการ
• ฝ่ายแผนงาน
• ฝ่ายติดตามและประเมินผล
• ฝ่ายประสานงานด้านความหลากหลายทางชีวภาพและพื้นที่ชุ่มน้ำ
• ฝ่ายการต่างประเทศ 
• ศูนย์สารสนเทศ

สถาบันวิจัยและพัฒนาทรัพยากรทางทะเลชายฝั่งทะเลและป่าชายเลน

• กลุ่มสำรวจทรัพยากรทางทะเลชายฝั่ง
• กลุ่มชีววิทยาและนิเวศวิทยาทางทะเลและชายฝั่ง
• กลุ่มประเมินสภาวะทรัพยากรและผลผลิตชีวภาพทางทะเลชายฝั่ง
• กลุ่มพิพิธภัณฑ์และสถานแสดงพันธ์สัตว์และพืชทะเล
• กลุ่มสัตว์ทะเลหายาก
• กลุ่มวิจัยระบบนิเวศทรัพยากรป่าชายเลน
• ศูนย์วิจัยทรัพยากรป่าชายเลน (พื้นที่สงวนชีวมณฑลระนอง)
• ศูนย์วิจัยการเปลี่ยนแปลงภูมิอากาศและระดับน้ำทะเล
• เรือจักรทอง ทองใหญ่
• ศูนย์วิจัยทรัพยากรทางทะเลชายฝั่งอ่าวไทยตอนบน 
• ศูนย์วิจัยทรัพยากรทางทะเลชายฝั่งอ่าวไทย ฝั่งตะวันออก 
• ศูนย์วิจัยทรัพยากรทางทะเลชายฝั่งอ่าวไทย ตอนกลาง 
• ศูนย์วิจัยทรัพยากรทางทะเลและชายฝั่งอ่าวไทยตอนล่าง 

สำนักอนุรักษ์ทรัพยากรทางทะเลและชายฝั่ง

• ส่วนอนุรักษ์และฟื้นฟูทรัพยากรทางทะเลและชายฝั่ง
• ส่วนส่งเสริมการอนุรักษ์ทรัพยากรทางทะเลและชายฝั่ง
• ส่วนคุ้มครองทรัพยากรทางทะเลและชายฝั่ง
• ศูนย์อนุรักษ์ทรัพยากรทางทะเลและชายฝั่งที่ 1 (ระยอง) 
• ศูนย์อนุรักษ์ทรัพยากรทางทะเลและชายฝั่งที่ 2 (สมุทรสาคร)
• ศูนย์อนุรักษ์ทรัพยากรทางทะเลและชายฝั่งที่ 3 (ชุมพร)
• ศูนย์อนุรักษ์ทรัพยากรทางทะเลและชายฝั่งที่ 4 (สงขลา)
• ศูนย์อนุรักษ์ทรัพยากรทางทะเลและชายฝั่งที่ 5 (ภูเก็ต)
• ศูนย์อนุรักษ์ทรัพยากรทางทะเลและชายฝั่งที่ 6 (ตรัง)

สำนักการจัดการป้องกันการกัดเซาะชายฝั่งทะเลและพื้นที่ชายฝั่ง

สำนักอนุรักษ์ทรัพยากรป่าชายแลน

• ฝ่ายบริหารทั่วไป
• ส่วนนโยบายและแผน
• ส่วนอนุรักษ์และฟื้นฟูทรัพยากรป่าชายเลน
• ส่วนส่งเสริมและพัฒนาทรัพยากรป่าชายเลน
• ส่วนวิจัยและพัฒนาทรัพยากรป่าชายเลน
  • ศูนย์ส่งเสริมการเรียนรู้และพัฒนาทรัพยากรป่าชายเลนที่ 1 (ตราด)
  • ศูนย์ส่งเสริมการเรียนรู้และพัฒนาทรัพยากรป่าชายเลนที่ 2 (สมุทรสาคร)
  • ศูนย์ส่งเสริมการเรียนรู้และพัฒนาทรัพยากรป่าชายเลนที่ 3 (นครศรีธรรมราช)
  • ศูนย์ส่งเสริมการเรียนรู้และพัฒนาทรัพยากรป่าชายเลนที่ 4 (พังงา)
  • ศูนย์ส่งเสริมการเรียนรู้และพัฒนาทรัพยากรป่าชายเลนที่ 5 (สตูล)
  • ศูนย์ส่งเสริมการเรียนรู้และพัฒนาทรัพยากรป่าชายเลนที่ 6 (นครศรีธรรมราช)
  • ศูนย์ส่งเสริมการเรียนรู้และพัฒนาทรัพยากรป่าชายเลนที่ 7 (สุราษฎร์ธานี)
  • ศูนย์ส่งเสริมการเรียนรู้และพัฒนาทรัพยากรป่าชายเลนที่ 8 (ภูเก็ต)
• ส่วนบริหารจัดการทรัพยากรป่าชายเลนที่ 1 (ภาคตะวันออกและภาคกลาง:ชลบุรี)
  • สถานีพัฒนาทรัพยากรป่าชายเลนที่ 1 (ระยอง)
  • สถานีพัฒนาทรัพยากรป่าชายเลนที่ 2 (ท่าสอน จันทบุรี)
  • สถานีพัฒนาทรัพยากรป่าชายเลนที่ 3 (ขลุง จันทบุรี)
  • สถานีพัฒนาทรัพยากรป่าชายเลนที่ 4 (น้ำเชี่ยว ตราด)
  • สถานีพัฒนาทรัพยากรป่าชายเลนที่ 5 (ชลบุรี)
  • สถานีพัฒนาทรัพยากรป่าชายเลนที่ 6 (เพชรบุรี)
  • สถานีพัฒนาทรัพยากรป่าชายเลนที่ 7 (สมุทรสงคราม)
  • หน่วยคุ้มครองป้องกันป่าชายเลนที่ 1 (ตราด)
  • หน่วยคุ้มครองป้องกันป่าชายเลนที่ 2 (จันทบุรี)
  • หน่วยคุ้มครองป้องกันป่าชายเลนที่ 3 (เพชรบุรี)
• ส่วนบริหารจัดการทรัพยากรป่าชายเลนที่ 2 (ภาคใต้ตอนบน:กระบี่)
  • สถานีพัฒนาทรัพยากรป่าชายเลนที่ 15 (นครศรีธรรมราช)
  • สถานีพัฒนาทรัพยากรป่าชายเลนที่ 16 (ตะกั่วป่า พังงา)
  • สถานีพัฒนาทรัพยากรป่าชายเลนที่ 17 (บางย่อน พังงา)
  • สถานีพัฒนาทรัพยากรป่าชายเลนที่ 18 (บางวัน พังงา)
  • สถานีพัฒนาทรัพยากรป่าชายเลนที่ 19 (ลำแก่น พังงา)
  • สถานีพัฒนาทรัพยากรป่าชายเลนที่ 20 (วังหม้อแกง พังงา)
  • สถานีพัฒนาทรัพยากรป่าชายเลนที่ 21 (ทับปุด พังงา)
  • สถานีพัฒนาทรัพยากรป่าชายเลนที่ 22 (ตะกั่วทุ่ง พังงา)
  • สถานีพัฒนาทรัพยากรป่าชายเลนที่ 23 (ภูเก็ต)
  • สถานีพัฒนาทรัพยากรป่าชายเลนที่ 24 (กระบี่)
  • สถานีพัฒนาทรัพยากรป่าชายเลนที่ 25 (แหลมสัก กระบี่)
  • สถานีพัฒนาทรัพยากรป่าชายเลนที่ 26 (หาดนพรัตน์ธารา กระบี่)
  • สถานีพัฒนาทรัพยากรป่าชายเลนที่ 27 (ท่าแดง กระบี่)
  • สถานีพัฒนาทรัพยากรป่าชายเลนที่ 28 (น้ำบ่อ กระบี่)
  • สถานีพัฒนาทรัพยากรป่าชายเลนที่ 29 (ลันตากระบี่)
  • สถานีพัฒนาลุ่มน้ำปากพนัง
  • หน่วยคุ้มครองป้องกันป่าชายเลนที่ 4 (นครศรีธรรมราช)
  • หน่วยคุ้มครองป้องกันป่าชายเลนที่ 5 (คุระบุรี พังงา)
  • หน่วยคุ้มครองป้องกันป่าชายเลนที่ 6 (เกาะยาว พังงา)
  • หน่วยคุ้มครองป้องกันป่าชายเลนที่ 7 (อ่าวลึก กระบี่)
• ส่วนบริหารจัดการทรัพยากรป่าชายเลนที่ 3 (ภาคใต้ตอนล่าง:ตรัง)
  • สถานีพัฒนาทรัพยากรป่าชายเลนที่ 30 (กันตัง ตรัง)
  • สถานีพัฒนาทรัพยากรป่าชายเลนที่ 31 (สิเกา ตรัง)
  • สถานีพัฒนาทรัพยากรป่าชายเลนที่ 32 (ย่านตาขาว ตรัง)
  • สถานีพัฒนาทรัพยากรป่าชายเลนที่ 33 (ปะเหลียน ตรัง)
  • สถานีพัฒนาทรัพยากรป่าชายเลนที่ 34 (ตำมะลัง สตูล)
  • สถานีพัฒนาทรัพยากรป่าชายเลนที่ 35 (เมือง สตูล)
  • สถานีพัฒนาทรัพยากรป่าชายเลนที่ 36 (ท่าแพ สตูล)
  • สถานีพัฒนาทรัพยากรป่าชายเลนที่ 37 (ทุ่งหว้า สตูล)
  • สถานีพัฒนาทรัพยากรป่าชายเลนที่ 38 (สงขลา)
  • สถานีพัฒนาทรัพยากรป่าชายเลนที่ 39 (ปัตตานี)
  • หน่วยคุ้มครองป้องกันป่าชายเลนที่ 8 (ตรัง)
  • หน่วยคุ้มครองป้องกันป่าชายเลนที่ 9 (สตูล)
  • หน่วยคุ้มครองป้องกันป่าชายเลนที่ 10 (สงขลา)
  • หน่วยคุ้มครองป้องกันป่าชายเลนที่ 11 (ปัตตานี)
• ส่วนบริหารจัดการทรัพยากรป่าชายเลนที่ 4 (ภาคใต้ตอนกลาง:สุราษฎร์ธานี)
  • สถานีพัฒนาทรัพยากรป่าชายเลนที่ 8 (ประจวบคีรีขันธ์)
  • สถานีพัฒนาทรัพยากรป่าชายเลนที่ 9 (กะเปอร์ ระนอง)
  • สถานีพัฒนาทรัพยากรป่าชายเลนที่ 10 (เมือง ระนอง)
  • สถานีพัฒนาทรัพยากรป่าชายเลนที่ 11 (ละอุ่น ระนอง)
  • สถานีพัฒนาทรัพยากรป่าชายเลนที่ 12 (ชุมพร)
  • สถานีพัฒนาทรัพยากรป่าชายเลนที่ 13 (ท่าฉาง สุราษฎร์ธานี)
  • สถานีพัฒนาทรัพยากรป่าชายเลนที่ 14 (ดอนสัก สุราษฎร์ธานี)
  • หน่วยคุ้มครองป้องกันป่าชายเลนที่ 12 (ปะทิว ชุมพร)
  • หน่วยคุ้มครองป้องกันป่าชายเลนที่ 13 (ระนอง)
• ส่วนบริหารจัดการทรัพยากรป่าชายเลนที่ 5 (เพชรบุรี)
• ส่วนบริหารจัดการทรัพยากรป่าชายเลนที่ 6 (สงขลา )